Phương pháp “genome-wide meta-QTL” xác định các loci giả định gắn kết với các tính trạng của trái cà chua có tầm quan trọng về nông học

 Phương pháp “genome-wide meta-QTL” xác định các loci giả định gắn kết với các tính trạng của trái cà chua có tầm quan trọng về nông học

Nguồn: Maryam Rashidzade, Moein Shajari, Jacob Barnett, Hamid Razifard & Ana L. Caicedo. 2025. Genome-wide meta-QTL approach identifies consensus loci associated with agriculturally important tomato fruit traits. Theoretical and Applied Genetics; September 24 2025; vol. 138; article 255

Sử dụng 82 quần thể con lai lập bản đồ QTL theo kết quả nghiên cứu trước đây, người ta đã xác định được 99 vùng mang meta-QTL có độ tin cậy cao, theo đó là những gen ứng cử viên gắn kết với tính trạng phẩm chất trái cà chua.

Phân tích di truyền các tính trạng có giá trị kinh tế quan trọng mang tính chất số lượng là nội dung cấp thiết để phát triển giống cà chua mới, biểu hiện năng suất cải tiến và phẩm chất tốt, bao gồm tính trạng kháng bệnh và hương vị ngon. Phân tích meta-QTL (MQTL) cho phép tích hợp các dữ liệu QTL từ nhiều nghiên cứu độc lập, cho thấy các vùng trên nhiễm sắc thể có liên quan một cách nhất quán với những tính trạng mong muốn. Kết quả nghiên cứu cho thấy tác giả xác định được những QTLs đáng tin vậy và nhất quán đối với 8 tính trạng có liên quan đến phẩm chất trái cà chua thông qua phân tích MQTL của 1.438 QTLs đã được báo cáo trong 82 quần thể con lai mapping độc lập nhau. Phân tích này giúp cho chúng ta phân lập được 99 MQTLs có tính chất đồng thuận cao, phân bố trên 12 nhiễm sắc thể cà chua, với quãng tin cập hẹp gấn 4 lần  CI (confidence intervals) so với những nghiên cứu khởi thủy. Người ta xác định đượcnhững gen ứng cử viên triển vọng nhất (CGs: candidate genes) định vị trong từng quãng MQTL trên cơ sở chức năng của gen đồng dạng (orthologous genes) của hệ gen cây mô hình Arabidopsis thaliana. Người ta xác định mới nhất những CGs bổ sung các gen đã được định tính trước đó và những gen ứng cử viên có tính hiệu GWAS từ nhiều nghiên cứu trước đó. Kết quả nghiên cứu đã xác định được những QTLs nhất quán và những CGs trong điều kiện không có stress, cung cấp nguồn vật liệu di truyền có giá trị làm tăng phẩm chất trái cà chua. Tác giả thảo luận sâu về các CGs về tiềm năng cải thiện các tính trạng liên quan đến phẩm chất trái cà chua phục vụ cải tiến giống.

Xem  https://link.springer.com/article/10.1007/s00122-025-05033-4