Phân tích đa dạng di truyền và GWAS về tính trạng vitamin C của cải xà lách (Lactuca sativa L.) với bộ chỉ thị SNP

 Phân tích đa dạng di truyền và GWAS về tính trạng vitamin C của cải xà lách (Lactuca sativa L.) với bộ chỉ thị SNP

Nguồn: Inés Medina-Lozano, Juan Ramón Bertolín, Jörg Plieske, Martin Ganal, Heike Gnad, Aurora Díaz. 2024. Studies of genetic diversity and genome-wide association for vitamin C content in lettuce (Lactuca sativa L.) using high-throughput SNP arrays. The Plant Genome; First published: 24 October 2024

 

Xà lách (Lactuca sativa L.) là nguồn thực phẩm cung cấp các dưỡng chất có lợi cho dù chúng thường hiện diện với liều lượng thấp. Người ta sử dụng bộ chỉ thị phân tử 40K Axiom và 9K Infinium SNP arrays để (i) khám phá sự đa dạng di truyền của 21 giống canh tác; (ii) thực hiện phân tích GWAS hàm lượng vitamin C  của 21 giống xà lách; quần thể giống xà lách bao gồm 205 cây  co dồi dào nguồn vitamin C (giống Lechuga del Pirineo).

 

Phân tích kiến trúc di truyền và di truyền huyết thống cho thấy nhóm này hình thành nên chủ yếu từ các giống cổ truyền địa phương, có đa dạng di truyền cao, trong khi đó, giống xà lách đỏ trên thị trường được xếp nhóm di truyền cùng với chúng; khác biệt rất xa với nhóm còn lại. GWAS đã liên tục tìm thấy trên nhiễm sắc thể 2, nhiều chỉ thị SNPs liên quan đến tính trạng dehydroascorbic acid (một loại hình của vitamin C) thông qua 3 phương pháp khác nhau nhằm đánh giá khoa học về kiến trúc quần thể, hệ số thành viên của subpopulation (membership coefficients), giá trị phân bố đa chiều, và giá trị PCA (principal component analysis). Phương pháp sau phát hiện số lượng cao nhất của chỉ thị SNPs (17) và kết hợp có ý nghĩa nhất, 12 chỉ thị trong số này cho thấy giá trị LD (linkage disequilibrium) rất cao với chỉ thị SNP dẫn đầu. Trong số 84 gen định vị trong vùng, một vài gen có ;liên quan đến tính trạng hàm lượng vitamin C hoặc trạng thái “antioxidant” trong những cây trồng khác, giống như các gen mã hóa “long non-coding RNA”,  các “F-box proteins”,  và chất ức chế “pectinesterase/pectinesterase”, hoặc gián tiếp, như “extensin-1-like protein” và gen mã hóa “endoglucanase 2”. Sự tham gia của những gen khác trong vùng này liên quan đến vitamin C cần được nghiên cứu sâu hớn. Hiểu biết di truyền điều khiển tính trạng mục tiêu liên quan đến phẩm chất quan trọng nói trên của xà lách trở nên rất cần thiết cho chương trình cải tiến giống. 


Xem https://acsess.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/tpg2.20518

Comments

Post a Comment

Popular posts from this blog

Mở khóa bí mật về khả năng chịu đựng ức chế mặn ở cây cà chua hoang dã

Image
Mở khóa bí mật về khả năng chịu đựng ức chế mặn ở cây cà chua hoang dã Đa dạng di truyền và cấu trúc của Solanum pimpinellifolium và S. lycopersicum. Nguồn: The Plant Journal (2024). DOI: 10.1111/tpj.16894.   Khi khí hậu thay đổi và độ mặn của đất tăng lên ở nhiều vùng nông nghiệp, việc tìm ra các loại cây trồng có thể phát triển mạnh trong những điều kiện đầy thách thức này là rất quan trọng. Cà chua được canh tác, mặc dù quả cà chua là ngon, nhưng thường gặp trở ngại khi trồng ở điều kiện đất nhiễm mặn. Tuy nhiên, trong quần thể anh em họ hoang dã của chúng đã tiến hóa để tồn tại trong những môi trường đa dạng và thường khắc nghiệt. Một nghiên cứu gần đây đã đi sâu vào bản chất di truyền của cà chua hoang dã để khám phá bí mật về khả năng chịu mặn có thể được sử dụng để phát triển các giống cây trồng có khả năng phục hồi.   Một nhóm các nhà nghiên cứu tập trung vào  Solanum pimpinellifolium , họ hàng hoang dã gần nhất của cây cà chua yêu thích của chúng ta. Những quả nh...
Read more

Phân tích transcriptome tính trạng hình thành rễ nhánh sớm của cây cà chua

 Phân tích transcriptome tính trạng hình thành rễ nhánh sớm của cây cà chua Nguồn;  Aiai Zhang ,  Qingmao Shang . 2024. Transcriptome Analysis of Early Lateral Root Formation in Tomato. Plants (Basel); 2024 Jun 12; 13(12):1620. doi: 10.3390/plants13121620.   Rễ mọc ngang (lateral roots:  LR s) thu nhận tín hiệu từ môi trường xuyên hệ thống rễ và hấp thu nước, dưỡng chất từ đất. Auxin điều tiết sự hình thành rễ ngang ấy, nhưng cơ chế này trong cây cà chua chưa  rõ ràng. Nghiên cứu cho thấy:  hệ thống LR của cà chua “Ailsa Craig” xuất hiện vào ngày thứ ba và phân bố không đều trên rễ sơ cấp. Theo vị trí của hệ rễ LR xuất hiện, người ta phân biệt rễ cà chua thành 3 phần bằng nhau: đó là “shootward” (rễ mọc từ thân) ( RB ), “middle part of the root” (giữa rễ) ( RM ), và “tip part of the root” (đỉnh rễ) ( RT ). Mặt cắt ngang của rễ từ ngày 1 đến ngày 6 cho thấy số tế bào  RB  và đường kính rễ gia tăng đáng kể so với  RM  và...
Read more