Phân tích toàn hệ gen cây dưa leo: họ gen Exo70

 Phân tích toàn hệ gen cây dưa leo: họ gen Exo70

Nguồn: Liu Liu, Chaoheng Gu, Jiahao Zhang, Jingyu Guo, Xiaolan Zhang, Zhaoyang Zhou. 2023. Genome-Wide Analysis of Exocyst Complex Subunit Exo70 Gene Family in Cucumber. Int J Mol Sci.; 2023 Jun 30; 24(13):10929. doi: 10.3390/ijms241310929.

 

Dưa leo (Cucumis sativus L.) là loài rau quan trọng của thế giới, năng suất dưa leo bị ảnh hưởng bởi sâu bệnh hại có số lượng liệt kê khá lớn. Là subunit chủ lực của phức có tên “exocyst complex”, vai trò của thành viên Exo70 đã và đang được biểu hiện trong cây mô hình Arabidopsis và cây lúa, nhưng chức năng của chúng chưa được hiểu đầy đủ trong hệ gen cây dưa leo. Ở đây, người ta xác định được 18 thành viên của CsExo70 trong cây dưa leo, chúng được phân ra thành ba nhóm (Exo70.1-Exo70.3) và chín subgroups (Exo70A-Exo70I) trên cơ sở biểu hiện ở cây gia hệ. Sau đó, người ta tiến hành phân tích có hệ thống bao gồm collinearity (quan hệ tương tác), kiến trúc gen, các nguyên tố cis-acting, các motifs bảo thủ, hợp phần biểu hiện gen, và vị trí có tính chất subcellular. Kết quả cho thấy các gen CsExo70 thường biểu hiện trong tất cả mô tế bào, và CsExo70C1, CsExo70C2 biểu hiện mạnh mẽ trong nhụy đực. Bên cạnh đó, các mức độ biểu hiện của hầu hết gen CsExo70  bị kích thích bởi vi khuẩn Pseudomonas syringae pv. lachrymans (Psl) và nấm Fusarium oxysporum f. sp. cucumerinum Owen (Foc), đặc biệt là CsExo70E2 và CsExo70H3.

 

Hơn nữa, những gen CsExo70s này hiện thị các mẫu vị trí tương tự với những tín hiệu không liên tục và hình đốm (punctate signals) trong tế bào chất. Như vậy, kết quả chỉ ra rằng các thành viên của họ CsExo70 có thể đã tham gia vào quá trình phát triển của cây dưa leo và  kháng sâu bệnh hại, kết quả còn cung cấp một tư liệu tham chiếu phục vụ nghiên cứu sâu trong tương lai về các gen Exo70 của cây dưa leo.

 

Xem https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37446106/

 

Hình: Phân tích di truyền huyết thống họ gen Exo70. Vòng tròn biểu trưng của Exo70 trong genome cây lúa, hình tam giác trong cây Arabidopsis thaliana, hình vuông trong cây Physcomitrella patens, và hình ngôi sao  trong cây dưa leo Cucumis sativus (C. sativus).

Comments

Post a Comment

Popular posts from this blog

Phân tích đa dạng di truyền và GWAS về tính trạng vitamin C của cải xà lách (Lactuca sativa L.) với bộ chỉ thị SNP

 Phân tích đa dạng di truyền và GWAS về tính trạng vitamin C của cải xà lách (Lactuca sativa L.) với bộ chỉ thị SNP Nguồn:  Inés Medina-Lozano ,  Juan Ramón Bertolín ,  Jörg Plieske ,  Martin Ganal ,  Heike Gnad ,  Aurora Díaz . 2024. Studies of genetic diversity and genome-wide association for vitamin C content in lettuce ( Lactuca sativa  L.) using high-throughput SNP arrays. The Plant Genome; First published: 24 October 2024   Xà lách ( Lactuca sativa  L.) là nguồn thực phẩm cung cấp các dưỡng chất có lợi cho dù chúng thường hiện diện với liều lượng thấp. Người ta sử dụng bộ chỉ thị phân tử  40K Axiom  và  9K Infinium SNP  arrays để (i) khám phá sự đa dạng di truyền của 21 giống canh tác; (ii) thực hiện phân tích GWAS hàm lượng vitamin C  của 21 giống xà lách; quần thể giống xà lách bao gồm 205 cây  co dồi dào nguồn vitamin C (giống Lechuga del Pirineo).   Phân tích kiến trúc di truyền và di truyền h...
Read more

Mở khóa bí mật về khả năng chịu đựng ức chế mặn ở cây cà chua hoang dã

Image
Mở khóa bí mật về khả năng chịu đựng ức chế mặn ở cây cà chua hoang dã Đa dạng di truyền và cấu trúc của Solanum pimpinellifolium và S. lycopersicum. Nguồn: The Plant Journal (2024). DOI: 10.1111/tpj.16894.   Khi khí hậu thay đổi và độ mặn của đất tăng lên ở nhiều vùng nông nghiệp, việc tìm ra các loại cây trồng có thể phát triển mạnh trong những điều kiện đầy thách thức này là rất quan trọng. Cà chua được canh tác, mặc dù quả cà chua là ngon, nhưng thường gặp trở ngại khi trồng ở điều kiện đất nhiễm mặn. Tuy nhiên, trong quần thể anh em họ hoang dã của chúng đã tiến hóa để tồn tại trong những môi trường đa dạng và thường khắc nghiệt. Một nghiên cứu gần đây đã đi sâu vào bản chất di truyền của cà chua hoang dã để khám phá bí mật về khả năng chịu mặn có thể được sử dụng để phát triển các giống cây trồng có khả năng phục hồi.   Một nhóm các nhà nghiên cứu tập trung vào  Solanum pimpinellifolium , họ hàng hoang dã gần nhất của cây cà chua yêu thích của chúng ta. Những quả nh...
Read more

Phân tích transcriptome tính trạng hình thành rễ nhánh sớm của cây cà chua

 Phân tích transcriptome tính trạng hình thành rễ nhánh sớm của cây cà chua Nguồn;  Aiai Zhang ,  Qingmao Shang . 2024. Transcriptome Analysis of Early Lateral Root Formation in Tomato. Plants (Basel); 2024 Jun 12; 13(12):1620. doi: 10.3390/plants13121620.   Rễ mọc ngang (lateral roots:  LR s) thu nhận tín hiệu từ môi trường xuyên hệ thống rễ và hấp thu nước, dưỡng chất từ đất. Auxin điều tiết sự hình thành rễ ngang ấy, nhưng cơ chế này trong cây cà chua chưa  rõ ràng. Nghiên cứu cho thấy:  hệ thống LR của cà chua “Ailsa Craig” xuất hiện vào ngày thứ ba và phân bố không đều trên rễ sơ cấp. Theo vị trí của hệ rễ LR xuất hiện, người ta phân biệt rễ cà chua thành 3 phần bằng nhau: đó là “shootward” (rễ mọc từ thân) ( RB ), “middle part of the root” (giữa rễ) ( RM ), và “tip part of the root” (đỉnh rễ) ( RT ). Mặt cắt ngang của rễ từ ngày 1 đến ngày 6 cho thấy số tế bào  RB  và đường kính rễ gia tăng đáng kể so với  RM  và...
Read more