Họ gen WD40 của cây cà chua ( Solanum lycopersicum L.)

 Họ gen WD40 của cây cà chua ( Solanum lycopersicum L.)

Nguồn:Cunyao Yan, Tao Yang, Baike Wang, Haitao Yang, Juan Wang, Qinghui Yu. 2023. Genome-Wide Identification of the WD40 Gene Family in Tomato ( Solanum lycopersicum L.). Genes (Basel); 2023 Jun 15; 14(6):1273. doi: 10.3390/genes14061273.

 

Protein WD40 là một “superfamily” của những protein mang tính chất điều tiết có phổ biến trong sinh vật eukaryotes; chóng đóng vai trò quan trọng trong điều tiết tăng trưởng và phát triển của cây. Tuy nhiên, việc định tính và xác định protein WD40 trong cà chua (Solanum lycopersicum L.) chưa được báo cáo. Theo kết quả này, người ta phân lập được 207 WD40 gen của hệ gen cây cà chua và phân tích vị trí của chúng trên nhiễm sắc thể, cấu trúc gen và sự tương quan về tiến hóa. Có tất cả 207 gen WD40 cà chua được phân ra trong cây gia hệ và domain kiến trúc thành ra 5 clusters và 12 subfamilies; người ta tìm thấy chúng phân bố không đều trên 12 nhiễm sắc thể. Người ta xác định sáu cặp gen lặp đoạn có tính chất tuần tự và 24 cặp lặp đoạn có tính chất phân đoạn trong họ gen WD40, mà sự lặp đoạn phân đoạn (segmental duplication) là phương thức chủ yếu khi cả chua phát triển rộng. Phân tích tỷ lệ Ka/Ks cho thấy rằng paralogs và orthologs của họ gen WD40 chủ yếu trải qua chọn lọc thuần giống trong quá trình tiến hóa. Dữ liệu RNA-seq từ nhiều mô cà chua khác nhau và các gia đoạn phát triển khác nhau khi trái cà chua phát triển cho thấy rằng biểu hiện gen WD40 có tính chất đặc thù. Hơn nữa, người ta đã cấu trúc 4  hệ thống “coexpression” tùy theo dữ liệu transcriptome và metabolome đối với protein WD40 có trong phát triển trái cà chua, điều này có thể liên quan đến sự hình thành tổng chất rắn hòa tan được. Kết quả cung cấp cách nhìn toàn cảnh họ gen WD40 và cung cấp thống tin có giá trị về minh chứng chứng năng các gen WD40 khi trái cà chua phát triển.

 

Xem https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37372453/

Comments

Post a Comment

Popular posts from this blog

Phân tích đa dạng di truyền và GWAS về tính trạng vitamin C của cải xà lách (Lactuca sativa L.) với bộ chỉ thị SNP

 Phân tích đa dạng di truyền và GWAS về tính trạng vitamin C của cải xà lách (Lactuca sativa L.) với bộ chỉ thị SNP Nguồn:  Inés Medina-Lozano ,  Juan Ramón Bertolín ,  Jörg Plieske ,  Martin Ganal ,  Heike Gnad ,  Aurora Díaz . 2024. Studies of genetic diversity and genome-wide association for vitamin C content in lettuce ( Lactuca sativa  L.) using high-throughput SNP arrays. The Plant Genome; First published: 24 October 2024   Xà lách ( Lactuca sativa  L.) là nguồn thực phẩm cung cấp các dưỡng chất có lợi cho dù chúng thường hiện diện với liều lượng thấp. Người ta sử dụng bộ chỉ thị phân tử  40K Axiom  và  9K Infinium SNP  arrays để (i) khám phá sự đa dạng di truyền của 21 giống canh tác; (ii) thực hiện phân tích GWAS hàm lượng vitamin C  của 21 giống xà lách; quần thể giống xà lách bao gồm 205 cây  co dồi dào nguồn vitamin C (giống Lechuga del Pirineo).   Phân tích kiến trúc di truyền và di truyền h...
Read more

Mở khóa bí mật về khả năng chịu đựng ức chế mặn ở cây cà chua hoang dã

Image
Mở khóa bí mật về khả năng chịu đựng ức chế mặn ở cây cà chua hoang dã Đa dạng di truyền và cấu trúc của Solanum pimpinellifolium và S. lycopersicum. Nguồn: The Plant Journal (2024). DOI: 10.1111/tpj.16894.   Khi khí hậu thay đổi và độ mặn của đất tăng lên ở nhiều vùng nông nghiệp, việc tìm ra các loại cây trồng có thể phát triển mạnh trong những điều kiện đầy thách thức này là rất quan trọng. Cà chua được canh tác, mặc dù quả cà chua là ngon, nhưng thường gặp trở ngại khi trồng ở điều kiện đất nhiễm mặn. Tuy nhiên, trong quần thể anh em họ hoang dã của chúng đã tiến hóa để tồn tại trong những môi trường đa dạng và thường khắc nghiệt. Một nghiên cứu gần đây đã đi sâu vào bản chất di truyền của cà chua hoang dã để khám phá bí mật về khả năng chịu mặn có thể được sử dụng để phát triển các giống cây trồng có khả năng phục hồi.   Một nhóm các nhà nghiên cứu tập trung vào  Solanum pimpinellifolium , họ hàng hoang dã gần nhất của cây cà chua yêu thích của chúng ta. Những quả nh...
Read more

Phân tích transcriptome tính trạng hình thành rễ nhánh sớm của cây cà chua

 Phân tích transcriptome tính trạng hình thành rễ nhánh sớm của cây cà chua Nguồn;  Aiai Zhang ,  Qingmao Shang . 2024. Transcriptome Analysis of Early Lateral Root Formation in Tomato. Plants (Basel); 2024 Jun 12; 13(12):1620. doi: 10.3390/plants13121620.   Rễ mọc ngang (lateral roots:  LR s) thu nhận tín hiệu từ môi trường xuyên hệ thống rễ và hấp thu nước, dưỡng chất từ đất. Auxin điều tiết sự hình thành rễ ngang ấy, nhưng cơ chế này trong cây cà chua chưa  rõ ràng. Nghiên cứu cho thấy:  hệ thống LR của cà chua “Ailsa Craig” xuất hiện vào ngày thứ ba và phân bố không đều trên rễ sơ cấp. Theo vị trí của hệ rễ LR xuất hiện, người ta phân biệt rễ cà chua thành 3 phần bằng nhau: đó là “shootward” (rễ mọc từ thân) ( RB ), “middle part of the root” (giữa rễ) ( RM ), và “tip part of the root” (đỉnh rễ) ( RT ). Mặt cắt ngang của rễ từ ngày 1 đến ngày 6 cho thấy số tế bào  RB  và đường kính rễ gia tăng đáng kể so với  RM  và...
Read more